施純仁為明清海戰名將施琅的後裔，是鹿港施家在台灣的第九代。小學時成績優異， 1932 年（昭和 7 年）三年級時被選為級長，是全校唯一當過級長的台灣人。1936 年（昭和 11 年）小學畢業後，施純仁更以第一名的優異成績，考進以招收日本學生為主的台中州立台中第二中學就讀，這在當時可是比考上台中一中還難。
1943年（昭和 18 年）高等學校畢業後，施純仁那一屆直接進入台北帝國大學醫學部就讀。戰事越演越烈， 1945年5月31日，美軍對台北進行大轟炸，當時的美軍指揮官柯 ‧ 喬治因曾任教於台北高等學校，故刻意避開該校，但台北帝國大學醫學部與附屬醫院就無法倖免於難了。許多傷者被送往醫院救治，施純仁親眼目睹部分腦部受傷的傷者，因當時尚未有腦部手術（腦神經外科）而喪命，使施純仁下定決心，將來要成為一位腦神經外科醫師。8月15日，日本天皇終於宣佈投降，第二次世界大戰結束。
1949年國防醫學院正式遷台，以聯合勤務總司令部台灣總醫院作為教學醫院，施純仁轉往國防醫學院，成為第三年的住院醫師。
